选择MySQL还是SQL Server来配合PHP或.NET，主要取决于项目需求、技术栈偏好、成本考虑以及数据库特性需求等方面。以下是一些选择数据库的建议：
配合PHP
MySQL
开源和免费：MySQL是一个开源且免费的数据库系统，适合小型到中型项目，特别是那些预算有限的项目。
广泛支持：由于其流行度，MySQL得到了广泛的支持，包括众多的PHP框架和工具。
高性能：对于读取密集型的应用，MySQL的性能表现优异，特别是在大数据量的情况下。
社区支持：有一个庞大的社区提供文档、教程和问题解答。
SQL Server
高级功能：SQL Server提供了许多高级功能，如数据分析、数据仓库和商业智能等，适合企业级应用。
集成服务：SQL Server集成了多种服务，如集成服务（SSIS）、分析服务（SSAS）和报表服务（SSRS），适合复杂的数据处理和分析需求。
高性能：SQL Server在处理复杂查询和大量数据时表现出色，特别是在事务处理和数据完整性方面。
配合.NET
MySQL
跨平台支持：MySQL支持多种操作系统和平台，适合需要跨平台部署的应用。
轻量级：相对于SQL Server，MySQL的安装和维护相对简单，适合小型到中型项目。
成本效益：对于预算有限的项目，MySQL的免费和开源特性是一个重要的考虑因素。
SQL Server
无缝集成：SQL Server与.NET框架有着无缝的集成，提供了丰富的ADO.NET数据提供程序和Entity Framework支持。
企业级特性：SQL Server提供了许多企业级特性，如事务复制、故障转移群集和数据压缩等，适合大型企业应用。
高级安全性和合规性：SQL Server提供了高级的安全性功能和合规性选项，适合处理敏感数据和遵守严格的数据保护法规。
综合考虑
项目需求：根据项目的具体需求选择数据库。例如，如果项目需要高级的数据分析和商业智能功能，SQL Server可能是更好的选择；如果项目预算有限且需求相对简单，MySQL可能更合适。
技术栈偏好：考虑现有的技术栈和开发团队的熟悉程度。如果团队更熟悉MySQL或SQL Server，选择熟悉的数据库可以提高开发效率。
成本考虑：评估项目的预算和长期运营成本。虽然SQL Server提供了许多高级功能，但其许可证费用可能较高。
扩展性和性能：根据项目的扩展性和性能需求选择数据库。如果项目需要处理大量数据和复杂查询，SQL Server可能更具优势；如果项目需要跨平台部署且数据量不大，MySQL可能更合适。
总之，选择MySQL还是SQL Server来配合PHP或.NET，需要综合考虑项目需求、技术栈偏好、成本考虑以及数据库特性需求等方面。通过权衡这些因素，可以选择最适合项目的数据库系统。